《芥子园画传》在中国问世（初集年、二集三集年）后不久，日本就花高价从中国进口，因此在不太长的时间里此书就已为日本人所知。
日本江户时代绘画选自新浪博客
画家白井华阳在《画乘要略》里第一次强调中国画谱对日本文人画家的重要性：“元禄年间，徂徕先生得清人李渔《芥子园画传》，大奇之，进纳之官库。而后十竹斋、佩文斋书画谱相寻而至，于是人或得见王、黄、倪、吴以下清人风格。百川、南海首倡之，荒村、人雅相继而兴，世人始知有南北宗至。”可见，《芥子园画传》是第一本给江户时代日本绘画带来新鲜血液的书籍。
江户时代日本绘画大师作品十六罗汉图伊藤若冲绘美国波士顿美术馆藏选自新浪博客
这本书除了给日本的绘画爱好者提供了中国画的基本知识外，对日本文人画的形成也具有特殊的重要性。由于18世纪日本闭关锁国，许多日本画家无法轻易看到中国画原作，因此对他们而言《芥子园画传》有着巨大的价值。
《芥子园画传》的传入给日本画家带来了巨大的心理冲击。他们在充分认识到这本著作系统化方法的好处的同时，也意识到了其危险性。
小杉放庵童女观音选自捎东西
年，在画家小杉放庵组织编辑新版的《芥子园画传》前言中就提道：“《芥子园画传》是南宗画道的艺术宝典。一书在手，绘画爱好者可以很容易地完成一幅画作……然而，这种便利，或者说是使人对它过分地依赖，也许反而会产生一些弊端。江户时代末期明治时代初年，南宗画派缺少创新应该部分归咎于此。这并不是这部著作的错，而错在参阅它的人。如果人们对此有所警觉，仔细参酌，无疑这部著作能使人们在古人的论述、古人的技法以及南宗画道的精神方面受益良多。”从中我们可以体会出，这些无缘得见经典原作的日本画家，虽然对中国绘画传统的认识不全面，只通过画谱有基本的了解，但正因为如此，他们才能和中国古代绘画保持一种自由的关系。
梵高临摹的浮世绘选自搜狐
受《芥子园画传》影响的日本画家中我们可以举出葛饰北斋。在今天，全球范围内最为人所熟悉的木版画，恐怕就是日本浮世绘艺术家葛饰北斋的“巨浪”。这幅《神奈川冲浪里》非常具有辨识度，图像中大海尽情展现着它的力量。这幅画是其《富岳三十六景》中最有名的一幅。这幅画的形象后来被运用在很多商业广告中，成为最经典的“海浪”。年，《神奈川冲浪里》的印刷品流传到欧洲，对后来的欧洲画坛影响很大，德加、马奈、梵高、高更等许多印象派绘画大师都临摹过他的作品。
葛饰北斋《神奈川冲浪里》
葛饰北斋是日本浮世绘三大师中的代表。他曾说，“我绘画的启蒙就是中国的明式版画和《芥子园画传》。”日本浮世绘后来也被学者认为是源自中国的水印木刻，而后才逐渐演变成日本庶民文化的代表。